Puede ser un mecanismo útil para los investigadores y los analistas (para fines científicos o sociales; investigar amenazas; o conocer mejor a los usuarios; etc.), pero puede, asimismo, implicar riesgos contra la privacidad y la seguridad de los datos personas si se realiza sin el consentimiento debido, con fines ilícitos o sin las garantías adecuadas.
Es usual afirmar que garantizar la anonimización absoluta es prácticamente imposible, existiendo siempre un riesgo residual de desanonimización o reidentificación de la persona (riesgo que crece con el paso del tiempo, conforme puedan aparecer más datos al tiempo que se producen más avances tecnológicos).
Según el Dictamen 05/2014 (sobre técnicas de anonimización) del Grupo de Trabajo sobre protección de datos del artículo 29, existen tres riesgos clave de la anonimización: la “singularización” (posibilidad de extraer de un conjunto de datos algunos registros que identifican a una persona), la“vinculabilidad” (la capacidad de vincular como mínimo dos registros de un único interesado o de un grupo de interesados, ya sea en la misma base de datos o en dos bases de datos distintas) y la “inferencia” (posibilidad de deducir con una probabilidad significativa el valor de un atributo a partir de los valores de un conjunto de otros atributos). La fiabilidad de la anonimización dependerá de que se utilicen las técnicas y garantías adecuadas para eliminar estos riesgos.